Первое упоминание села Кукобой относится к 1526 г. Название встречается в купчей князя Ивана Ивановича Кемского, который выкупил сельцо Никольское Кукобой и окрестные земли у старцев “Пречистые монастыря ея Введения на Кемельском лесу”. В 1564 г. село отписано на Ивана IV, но позднее он передал село Кириллов-Белозёрскому монастырю.
В середине XIX в. село Кукобой вошло в Подорванскую волость. В 1886 г. на средства священника Дмитрия Всехсвятского в центре села была построена двухэтажная школа. В 1908 г. в Кукобое открывается бесплатная народная библиотека. В 1909 г. на средства уроженца деревни Рябинки, купца Ивана Агаповича Ва(о)ронина, началось строительство церкви Спаса Нерукотворного Образа. Автором проекта выступил петербургский архитектор Василий Антонович Косяков. В 1912 г. строительство, которое обошлось почти в 1 миллион рублей, было завершено.
После 1917 г. Подорванская волость была переименована в Кукобойскую, а в 1929 г. село Кукобой вошло в состав Первомайского района.
В 2004 г. село Кукобой было объявлено “родиной Бабы Яги”. В центре села был построен дом Бабы-Яги, а также музей Сказки. День рождения Бабы Яги традиционно празднуется в последнюю субботу июня, вместе с днём рождения села.
Гефеле В. В Кукобой, по дороге к храму // Северный край. 2012. 27 апреля.
Кукобой. Из глубины веков. Рыбинск, 2007. 14 с.
Овчинникова М. Из истории села Кукобой // Призыв. 1996. 11 июня.
Село Кукобой // Ярославские епархиальные ведомости. ч. неоф. 1880. № 49. С. 399.
Урб Л. В. Легенды села Кукобой // Золотое кольцо. 2010. 8 апреля.
Фото: Храмы и монастыри Ярославской земли: Рыбинск, Романов-Борисоглебск, Данилов, Пошехонье, Любим, Некрасовское, Пречистое. Рыбинск, 2014. С. 122.
Трацевский Б. Н., библиограф отдела краеведения ЯОУНБ им. Н. А. Некрасова