В XVI– XVII вв. церковь Троицы являлась каменным храмом небольшого монастыря. В 1764 г. он был упразднён. Нынешнее здание церкви было построено в 1678 г., а сама церковь стала приходской после упразднения монастыря.
По архитектуре церковь Троицы относится к шатровому типу, в целом редкому для второй половины XVII в., но получившему распространение на территории края в данный период. В 1730 г. к восточной стене колокольни был пристроен каменный придел во имя Шуйской иконы Божьей матери.
Во второй половине XIX в. изучением истории прихода и некогда существовавшего монастыря занимался известный краевед Вадим Иванович Лествицын. В конце XIX в. церковь Троицы привлекла внимание членом ЯГУАК. Иваном Фёдоровичем Барщевским были сделаны 4 снимка, а в 1896-1989 г. Иларионом Александровичем Тихомировым было сделано подробное описание церкви и составлен проект реставрации.
К 1929 г. церковь утратила трапезную, алтарь, колокольню и придел. В 1930 г. она была закрыта и сегодня находится на грани полного разрешения.
Балагуров Е. П. Рухнула церковь // Золотое кольцо. 2010. 4 сентября.
Монастыри и храмы земли Ярославской. Т. 3. Ярославль – Рыбинск, 2001. С. 291.
Овсянников С. Н. Троицкая церковь бывшей Александровой пустыни и шатровые храмы второй половины XVIIIв. // “Минувших дней связующая нить…”. Ярославль, 1995. С. 34-36.
Розов Е. Легенды Александровой пустыни // Русь. 1995. № 1. С. 139-143.
Фабричникова Л. В пустыни как в пустыне // Золотое кольцо. 2005. 12 октября.
Трацевский Б. Н., библиограф отдела краеведения ЯОУНБ им. Н. А. Некрасова